اصل تفکیک قوا یا همان (Separation of Powers) از جمله اساسات مهم در نظام‌های جمهوری خوانده می‌شود و بسیاری آن را عاملی برای جلوگیری از سوء استفاده از قدرت از طرف یک شخص می‌دانند. اصل تفکیک قوا، یعنی تقسیم قدرت بین قوای سه‌گانه مقننه، مجریه و قضائیه دستاورد منتسکیو فرانسوی است. وی به این باور بود که جمع شدن قدرت تقنینی، اجرایی و قضایی در اختیار یک فرد یا یک دستگاه خاص ممکن است به خودکامگی بینجامد، پس باید دستگاه‌های دولتی طوری تنظیم شوند که قدرت، قدرت را متوقف کند.
همچنان وی به این نظر بود که بشر در طبیعت و نهاد خود گرایش به سلطه و استبداد دارد و اگر قوای سه گانه در اختیار یک شخص و یا یک گروه قرار گیرد، زمینه برای استبداد و سوء استفاده از قدرت فراهم می گردد. اما این نظریه آنچنان که باید کارگر واقع می‌شد، نشد. نظریه‌ی تفکیک قوا نه‌نتها که مشکلات را حل نتوانست بلکه حتی بیشتر زمینه‌ی سوء استفاده از قدرت را مساعد ساخت و جمع شدن گروه مشخص در هر یک از سه قوه(مقننه، اجرائیه و قضائیه) کشمکش و زدوبندهای سیاسی میان تیم‌های مشخص را بر سر منافع شان بیشتر ساخت و این‌گونه مردم تاوان کش و گیر میان این سه قوه را می‌پرداختند.
مهم‌ترین مثال از ناکارایی این نظریه را می‌توان در نظام جمهوری حاکم در افغانستان مشاهده کرد، جایی که سیاسیون آن به جمهوریت و دست‌آورده‌های آن- که جز فساد، جنگ و تباهی چیز دیگری نبوده- افتخار کرده و آن را خط سرخ خود می‌خوانند. جمهوریتی که همه ساله ارگ و پارلمان بر سر تصویب بودجه‌ی سالانه میان همدیگر در کشمکش قرار داشته و برای رسیدن به اهداف و خواسته‌ی تیمی خویش زندگی مردم را مختل نموده‌اند. طوریکه پارلمان افغانستان بودجه‌ی سال مالی ۱۴۰۰ حکومت را برای بار دوم رد کرد و رئیس پارلمان افغانستان گفته است که تا طرح یکسان‌سازی حقوق کارمندان دولتی در طرح بودجه ۱۴۰۰ عملی نشود، آن‌ها بودجه را تصویب نخواهند کرد.
برخلاف آنچه دکتورین نظریه‌ی تفکیک قوا انتظار داشتند، باز هم این نظریه نتوانست از سوء استفاده از قدرت جلوگیری کند. پارلمان تصویب بودجه‌ی سال ۱۴۰۰ را الی قبول شدن خواسته‌های شخصی شان از سوی حکومت تصویب نخواهند کرد. بحث یکسان‌سازی معاشات کارمندان دولت نیز تنها یک بهانه است که پارلمان از آن منحیث یک اهرم فشار بالای حکومت بخاطر تحمیل خواسته‌های خود استفاده می‌کند. از جانب دیگر اگر همین بودجه از سوی پارلمان پاس هم شود، باز هم این حکومت و سران آن هستند که از آن بیشترین نفع را می‌برند. چنانچه این بودجه همانند بودجه سال‌های قبل در کودهای مشخص مانند کود 91 ریخته می‌شود تا مقامات دولتی از آن حیف و میل کرده و برای مقاصد شخصی خویش استفاده کنند.
اما بدون شک قربانی این زدوبندها میان ارگ و پارلمان مردم بیچاره و فقیر افغانستان می‌باشند. سیاسیون بدون در نظر داشت وضعیت اسف‌بار مردم، اهداف و مقاصد سمتی و تیمی خود را همیشه در اولویت قرار داده و برای رسیدن به آن به بهانه‌های مختلف زندگی مردم را متأثر و شرایط را برای شان دشوار می‌سازند. در ساختار نظام جمهوری نظریه‌ی تفکیک قوا و هیچ نظریه‌ی دیگری نمی‌تواند مانع فساد و یا هم سوء استفاده از قدرت گردد. مشکل در اساس و بنیاد این نظام است که منشاء آن عقل ناقص و محدود انسان‌ها می‌باشد. راه حل آن ساختار و یا نظامی است که اساس آن وحی و از جانب الله سبحانه و تعالی برای تنظیم امور بشر فرستاده شده‌است. چنین نظامی هیچ گاه زمینه‌ی سوء استفاده از قدرت را برای افراد نمی‌دهد، زیرا در آن افراد نه بلکه یک فرد تحت عنوان خلیفه از جانب مسلمانان بر منصب خلافت قرار گرفته و مکلفیت خود می‌داند که مطابق آنچه الله سبحان فرستاده حکم کند.